До побічних негативних ефектів гербіцидів, про які не слід забувати, належить їх біологічна активність, гербіциди діють не тільки на цільові організми. Можна сказати, що гербіцид може побічно впливати на рослину, через вплив на симбіотичні організми або грунтову мікрофлору.
Дія гербіцидів на рослину, таке як соняшник , Буває прямим - пригнічення росту, або інтенсивності засвоєння поживних речовин, або непрямої - збільшення або зменшення активності грунтової мікрофлори, зміна протікання фізіологічних процесів в рослині, це може привести до підвищення або зниження стійкості рослини до збудників хвороб.
Мікроорганізмам відводиться важлива роль в збереженні гомеостазу та відновлення родючості грунту. Саме мікроорганізми є важливою складовою процесу грунтоутворення і ланкою, що забезпечує екологічну рівновагу будь-грунтової екосистеми. Їм належить головна роль в трансформації азоту в ґрунті, зокрема в таких процесах, як аммонификация, нітрифікація, азот фіксація і денітрифікація. Завдяки діяльності ґрунтових мікроорганізмів в грунті накопичується не тільки азот, але і рухомі форми елементів живлення, такі як фосфор і калій, мікроорганізми також перетворюють недоступні мікроелементи, зазвичай знаходяться в вигляді нерозчинних солей, в доступні для рослин форми. Важливу роль в грунті грають мікроорганізми-антагоністи, які виробляють антибіотичні речовини і мікроорганізми-продуценти фітогормонів.
Як свідчать літературні джерела, гербіциди здатні значною мірою впливати не тільки на рослини бур'янів і сільськогосподарських культур, а й на мікрофлору грунту. Реакція ґрунтових мікроорганізмів на гербіциди коливається в широких межах - від високої стійкості до високої чутливості в залежності від виду препаратів, способу і норми їх внесення, типу і властивостей грунту.
При внесенні гербіцидів на соняшник, рослина відчуває не тільки стрес, а й недостачу макро- і мікроелементів. Порушення життєздатності і активності грунтової мікрофлори викликає дефіцит мікроелементів, порушується азот фіксація, призупиняється перетворення фосфорних і калійних добрив в доступні для рослин форми. Ось що отримує аграрій при внесенні гербіцидів: знищення бур'янів, плюс стрес і дефіцит харчування соняшнику.
Стрес від впливу гербіциду як на рослину, так і на ґрунтову мікрофлору триває 12-16 днів після чого відновлюється вегетація у соняшнику. Активність ґрунтових мікроорганізмів відновлюється на 15-20 день. Саме в цей період рослини особливо потребують мікроелементах. Ґрунтова мікрофлора, яка тільки починає активно перетворювати нерозчинні солі, в доступні для рослини форми, не можуть забезпечити потреби соняшнику в мікроелементах. На цьому тлі спостерігається недолік в мікро- і мікроелементів, які особливо потрібні в даний період. Щоб уникнути дефіциту елементів живлення в критичний період росту рослин соняшнику потрібно використовувати листову підживлення комплексними препаратами, такими як: хелатні мікродобрива HAHIT BIO ; HAHIT Premium ; HAHIT Turbo ;